Yuridiksi Pengadilan Negeri Lembata Kelas II  mencakup seluruh desa dan kelurahan di Kabupaten Lembata yang terdiri dari 9 Kecamatan dan 151 Desa:

1. Kecamatan Atadei
- Kelurahan/Desa Atakore.
- Kelurahan/Desa Dori Pewut.
- Kelurahan/Desa Dulir.
- Kelurahan/Desa Ile Kerbau.
- Kelurahan/Desa Ile Kimok.
- Kelurahan/Desa Katakeja.
- Kelurahan/Desa Kowaape.
- Kelurahan/Desa Lebaata.
- Kelurahan/Desa Lerek.
- Kelurahan/Desa Lusilame.
- Kelurahan/Desa Nogo Doni.
- Kelurahan/Desa Nuba Atalojo.
- Kelurahan/Desa Nubahaeraka.
- Kelurahan/Desa Tubuk Rajan.

2. Kecamatan Buyasuri / Buyasari
- Kelurahan/Desa Atulaleng.
- Kelurahan/Desa Bareng.
- Kelurahan/Desa Bean.
- Kelurahan/Desa Benihading.
- Kelurahan/Desa Benihading II.
- Kelurahan/Desa Buriwutung.
- Kelurahan/Desa Kalikur.
- Kelurahan/Desa Kalikur WL.
- Kelurahan/Desa Kaohua.
- Kelurahan/Desa Leuburi.
- Kelurahan/Desa Leuwohung.
- Kelurahan/Desa Loyobohor.
- Kelurahan/Desa Mampir.
- Kelurahan/Desa Panama.
- Kelurahan/Desa Roho.
- Kelurahan/Desa Rumang.
- Kelurahan/Desa Tobotani.
- Kelurahan/Desa Tubung Walang.
- Kelurahan/Desa Umaleu.

3. Kecamatan Ile Ape
- Kelurahan/Desa Amakaka.
- Kelurahan/Desa Bungamuda.
- Kelurahan/Desa Dulitukan.
- Kelurahan/Desa Kolipadan.
- Kelurahan/Desa Kolontobo.
- Kelurahan/Desa Laranwuntun.
- Kelurahan/Desa Muruona.
- Kelurahan/Desa Napasabok.
- Kelurahan/Desa Petuntawa.
- Kelurahan/Desa Plilolon.
- Kelurahan/Desa Tagawiti.
- Kelurahan/Desa Tanjung Batu.
- Kelurahan/Desa Waowala.
- Kelurahan/Desa Watodiri.

4. Kecamatan Ile Ape Timur
- Kelurahan/Desa Aulesa.
- Kelurahan/Desa Bao Lali Duli.
- Kelurahan/Desa Jontona.
- Kelurahan/Desa Lamaau.
- Kelurahan/Desa Lamagute.
- Kelurahan/Desa Lamatokan.
- Kelurahan/Desa Lamawolo.
- Kelurahan/Desa Todanara.
- Kelurahan/Desa Waimatan.

5. Kecamatan Lebatukan
- Kelurahan/Desa Baopama Baopanak.
- Kelurahan/Desa Belorebong Balurebong.
- Kelurahan/Desa Dikesare.
- Kelurahan/Desa Hadakewa.
- Kelurahan/Desa Lamadale.
- Kelurahan/Desa Lamalela.
- Kelurahan/Desa Lamatuka.
- Kelurahan/Desa Lerahinga.
- Kelurahan/Desa Lewoeleng.
- Kelurahan/Desa Lodotodokowa.
- Kelurahan/Desa Merdeka.
- Kelurahan/Desa Seranggorang.
- Kelurahan/Desa Tapobaran.
- Kelurahan/Desa Tapolangu.
- Kelurahan/Desa Waienga.

6. Kecamatan Nagawutung
- Kelurahan/Desa Atawai.
- Kelurahan/Desa Babokerong.
- Kelurahan/Desa Baobolak.
- Kelurahan/Desa Belabaja.
- Kelurahan/Desa Duawutun.
- Kelurahan/Desa Ile Boli.
- Kelurahan/Desa Labalimut.
- Kelurahan/Desa Lolong.
- Kelurahan/Desa Lusiduawutun.
- Kelurahan/Desa Pasir Putih.
- Kelurahan/Desa Penikene.
- Kelurahan/Desa Wuakerong.

7. Kecamatan Nubatukan
- Kelurahan/Desa Lewoleba.
- Kelurahan/Desa Lewoleba Utara.
- Kelurahan/Desa Lewoleba Barat.
- Kelurahan/Desa Lewoleba Tengah.
- Kelurahan/Desa Lewoleba Timur.
- Kelurahan/Desa Lite Ulumado.
- Kelurahan/Desa Baolangu.
- Kelurahan/Desa Belobatang.
- Kelurahan/Desa Nuba Mado.
- Kelurahan/Desa Pada.
- Kelurahan/Desa Paubokol.
- Kelurahan/Desa Udak Melomata.
- Kelurahan/Desa Waijarang.
- Kelurahan/Desa Watokobu.

8. Kecamatan Omesuri
- Kelurahan/Desa Aramengi.
- Kelurahan/Desa Balauring.
- Kelurahan/Desa Dolulolong.
- Kelurahan/Desa Hingalamamengi.
- Kelurahan/Desa Hoelea.
- Kelurahan/Desa Hoelea II.
- Kelurahan/Desa Lebewala.
- Kelurahan/Desa Leubatang.
- Kelurahan/Desa Leudanung.
- Kelurahan/Desa Leuwayang.
- Kelurahan/Desa Mahal.
- Kelurahan/Desa Mahal II.
- Kelurahan/Desa Meluwiting.
- Kelurahan/Desa Nilanapo.
- Kelurahan/Desa Normal.
- Kelurahan/Desa Peusawah.
- Kelurahan/Desa Roma.
- Kelurahan/Desa Wailolong.
- Kelurahan/Desa Walangsawah.

9. Kecamatan Wulandoni
- Kelurahan/Desa Alap Atadei.
- Kelurahan/Desa Atakera.
- Kelurahan/Desa Belobad Belobaok.
- Kelurahan/Desa Imulolong.
- Kelurahan/Desa Lamalera A.
- Kelurahan/Desa Lamalera B.
- Kelurahan/Desa Lelata.
- Kelurahan/Desa Leworaja.
- Kelurahan/Desa Pantai Harapan.
- Kelurahan/Desa Puor.
- Kelurahan/Desa Wulandoni.