Sebagaimana halnya Mahkamah Agung RI adalah Lembaga Peradilan Tertinggi yang merupakan peradilan yang terakhir, dan Pengadilan Negeri Lembata dalam struktur organisasi berada di bawah naungan Mahkamah Agung memiliki Visi dan Misi organisasi yaitu :

1. VISI

Visi adalah suatu gambaran tentang keadaan masa depan yang berisikan cita-cita dan citra yang ingin diwujudkan organisasi Pengadilan Negeri Lembata yang pada pokoknya sama dengan Mahkamah Agung sebagai Organisasi  Induk adalah :                    

“TERWUJUDNYA PENGADILAN NEGERI LEMBATA YANG AGUNG “.

2. MISI
Misi adalah sesuatu yang harus diemban atau dilaksanakan sesuai visi yang ditetapkan agar tujuan organisasi dapat terlaksana dan terwujud dengan baik. Misi Pengadilan Negeri Lembata adalah sebagai berikut :

1.     Menjaga kemandirian Pengadilan Negeri Lembata;
2.     Memberikan pelayanan hukum yang berkeadilan kepada pencari keadilan;
3.     Meningkatkan kualitas kepemimpinan di Pengadilan Negeri Lembata;
4.     Meningkatkan kredibilitas dan transparansi di Pengadilan Negeri Lembata;