Pengadilan Negeri Lembata Kelas II adalah merupakan pecahan dari Pengadilan Negeri Larantuka dan selama dalam Wilayah Hukum Pengadilan Negeri Larantuka, banyak perkara pidana dan perdata yang disidangkan di Pengadilan Negeri Larantuka, termasuk beberapa perkara perdata yang melibatkan Pemerintahan Kabupaten Lembata sebagai Tergugat. Untuk mencapai tujuan tersebut, masyarakat pencari keadilan yang berasal dari Kabupaten Lembata harus menempuh perjalanan laut selama 4 (empat) jam dengan kapal kayu dan harus menginap beberapa hari demi memperjuangkan hak dan kewajiban mereka secara hukum untuk memperoleh keadilan melalui sebuah keputusan. Keadaan ini berjalan semenjak Lembata masih berstatus Koordinator Skap, kemudian ditingkatkan statusnya menjadi Kabupaten Pembantu, lalu menjadi Kabupaten Defenitif berdasarkan Undang-Undang Nomor : 52 Tahun 1999, tanggal 01 April 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Lembata, dibawah kepemimpinan Drs. Petrus Boliona Keraf, sebagai Pejabat Bupati Lembata selama 1 tahun, kemudian pada tahun 2001 dengan terpilihnya Drs. Andreas Duli Manuk sebagai Bupati Perdana Kabupaten Lembata dengan satu tekad yaitu : “Kabupaten Lembata mempunyai Pengadilan Negeri sendiri“ Sebagaimana Kabupaten lainnya.

Dengan bertolak dari tekad serata rasa keprihatinannya terhadap para pencari keadilan asal Lembata, maka dengan dukungan data yang ada, berupa jumlah / volume perkara baik pidana maupun perdata yang masuk ke Pengadilan Negeri Larantuka, serta kesediaan Pemerintah Kabupaten Lembata dalam menyiapkan lokasi pembangunan Gedung Kantor dan Rumah Negara / Dinas, maka disetujuilah usulan Ketua Pengadilan Negeri Larantuka, tentang pembentukan Pengadilan Negeri Lembata dengan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor : 14 Tahun 2005, tanggal 23 Mei 2005, maka terbentuklah Pengadilan Negeri Lembata yang peresmian beroperasinya pada tanggal 13 Desember 2005 oleh Bapak Ketua Mahkamah Agung Republik Indonesia, dengan wilayah hukum meliputi seluruh wilayah Kabupaten Lembata. Setelah peresmian beroperasinya pada tanggal 13 Desember 2005, secara nyata baru beroperasi pada tanggal 11 Februari 2006, menempati Zitting Plaatzen / tempat sidang Pengadilan Negeri Larantuka, dengan sarana dan prasarana fasilitas gedung yang sangat terbatas pada saat itu, namun proses penyelenggaraan Administrasi Peradilan dan Administrasi Umum berjalan sebagaimana biasa serta dengan fasilitas apa adanya tersebut, hingga saat ini Pengadilan Negeri Lembata telah memiliki Gedung Kantor yang layak dengan fasilitas sarana dan prasarana gedung yang memadai, sehingga penyelenggaraan Administrasi Peradilan dan Administrasi Umum akan lebih baik dan terarah, pelayanan kepada masyarakat pencari keadilan menjadi ebih memadai sesuai dengan TUPOKSI Pengadilan yaitu : “ PENEGAKAN HUKUM SEBAGAI BENTUK KONKRIT PENERAPAN HUKUM “ di Kabupaten Lembata. Dengan telah dibentuk dan telah beroperasinya “ Pengadilan Negeri Lembata “, maka maksud dan tujuan sebagaimana diuraikan dalam pasal 4 ayat (1) dan ayat (2) Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 48 Tahun 2009 tentang “ KEKUASAAN KEHAKIMAN “, diuraikan sebagai berikut : ayat (1) : “ Pengadilan mengadili menurut hukum dengan tidak membeda-bedakan orang “, dan ayat (2): “ Pengadilan membentuk pencari keadilan dan berusaha mengatasi segala hambatan dan rintangan untuk dapat tercapainya PERADILAN YANG SEDERHANA, CEPAT dan BIAYA RINGAN “.

Semoga semua harapan dari pelaksana Tugas Mahkamah Agung Republik Indonesia umumnya dan khususnya Pelaksana Tugas di Pengadilan Negeri Lembata serta seluruh masyarakat Lembata dapat tercapai serta Penegakan Hukum dan Keadilan terlaksana dengan baik. 

Sejak diresmikan pengoperasiannya, sudah 9 (sembilan) Ketua yang memimpin Pengadilan Negeri Lembata yaitu :

1)     ALBERT MONANG SIRINGGORINGGO, SH., MH.,  13 Desember 2005 s/d 04 Februari 2008;
2)    KARLEN PARHUSIP, SH.,  04 Februari 2008 s/d 20 April 2009;
3)    HOUTMAN L.TOBING, SH.,  20 April 2009 s/d 13 Mei 2011;
4)    SUTAJI, SH., MH.,  13 Mei 2011 s/d 13 Mei 2013;
5)    IMANUEL BARRU, SH.,  21 Maret 2014 s/d 21 Oktober 2015;
6)    I GUSTI NGURAH PUTRA ATMAJA, SH, MH.,  21 Oktober 2015 s/d 15 Juli 2016;
7)    ARY WAHYU IRAWAN, SH, MH., 15 Juli 2016 s/d 17 Juni 2019;
8)    NGURAH SURADATTA DHARMAPUTRA, SH. MH., 17 Juni 2019 s/d 22 Januari 2021;

9)   TRIADI AGUS PURWANTO, S.H., M.H., 22 Januari 2021 s/d 14 Desember 2022;

10)   PERELA DE ESPERANZA, S.H., 08 Desember 2022 s/d Sekarang