Sebagaimana halnya Mahkamah Agung RI adalah lembaga peradilan tertinggi yang merupakan peradilan yang terakhir, dan Pengadilan Negeri Lembata dalam struktur organisasi yang berada di bawah naungan Mahkamah Agung, maka memiliki visi dan misi organisasi yaitu :
- Visi :
“ TERWUJUDNYA PENGADILAN NEGERI LEMBATA YANG AGUNG “.
- Misi :
- Menjaga kemandirian Pengadilan Negeri Lembata;
- Memberikan pelayanan hukum yang berkeadilan kepada pencari keadilan;
- Meningkatkan kualitas kepemimpinan di Pengadilan Negeri Lembata;
- Meningkatkan kredibilitas dan transparansi di Pengadilan Negeri Lembata;